Jag är inte helt övertygad om att du får dubletter, det ser kanske bara ut så. Det är däremot möjligt att du har dubbla exemplar av varje exponering i kameran, där den ena är en jpeg och den andra en NEF. I så fall är det helt i sin ordning att alla importeras.

Du bör kunna välja att lägga filer av typ NEF i ett särskilt mappträd i datorn, skilt från bilderna med tillägg JPG. Om inte, är det ganska lätt att skilja dem om du vill, eller att låta dem vara kvar tillsammans. Men det är viktigt att du kan se vilken som är vilken, eftersom de inte är samma, och eftersom de måste behandlas olika. 

Filer av typ NEF är råfiler, de som ofta kallas RAW, och de kan man redigera i mycket större utsträckning än jpeg. De innehåller alla data som sensorn har samlat in.

Filer av typ jpeg har tillägget .JPG och de är färdigbearbetade i kameran. De kan inte redigeras särskilt mycket, och de kanske har avsevärt lägre kvalité än den du kan få från en råfil, och kanske inte heller den bästa kvalitén du kan få med jpeg direkt ur kameran. Många kameror gör en jpeg av lägre kvalité när man samtidigt spar RAW. 

Inställningen av det ena eller det andra görs i kameran, inte i datorn. Man kan ställa in kameran att spara enbart RAW (NEF) eller enbart jpeg (JPG), eller så kan man göra både RAW och jpeg, och det är då man kanske inte har valet att göra jpeg i bästa kvalité.